Per 20 metų trunkančią karjerą E. Jankauskas rungtyniavo Vilniaus „Žalgirio“, Maskvos CSKA ir „Torpedo“ (Rusija), „Brugge“ (Belgija), San Sebastijano „Real Sociedad“ (Ispanija), Lisabonos „Benfica“, „Porto“ (Portugalija), „Nice“ (Prancūzija), „Kauno“, Edinburgo „Hearts“ (Škotija), „AEK Larnaca“ (Kipras), „Belenenses“ (Portugalija), Rygos „Skonto“ (Latvija) ir „New England Revolutinion“ (JAV) komandose.

Pastaruoju metu futbolininkas siekė trenerio karjeros.